1998 年，布蘭登·費雪與女演員阿夫頓·史密斯結婚，兩人共有 3 個兒子。他們最大的孩子格里芬·亞瑟出生於 2002 年，然後是霍爾頓·弗萊徹和利蘭·法蘭西斯，分別在 2004 年和 2006 年出生。這對夫婦在 2007 年離婚，雖然孩子們和他們的母親住在一起，但費雪說孩子們總是往他家跑。

費雪也是一位自豪的父親，他透露說：「格里芬被診斷為自閉症患者。他是每一個見到他的人的良醫。他會讓他們把事情看得更清楚，也許還能找到一種方式，讓自己變得更有同情心。在他身邊，不會有人把自己放在第一位。」

他則把他的另外兩個兒子霍爾頓和利蘭稱為「發言人和執行者」。

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